宦官专权的明朝中叶，东厂曹少钦（甄子丹）假造圣旨杀害了忠良杨宇轩，并想斩草除根杀死其后代。侠女邱莫言（林青霞）、江湖义士贺虎等人冒死救出忠良后代后，逃至边关沙漠里的龙门客栈，与杨宇轩部下周淮安（梁家辉）会合。龙门客栈实则黑店，老板娘金镶玉（张曼玉）利用乱世，以美貌和风骚作诱饵杀人越货聚敛钱财，但她却为英俊潇洒的周淮安动了真心。为了摸清潜藏于龙门客栈中的出关暗道，周淮安将计就计，答应与金镶玉成亲。洞房花烛夜，楼上的周淮安与金镶玉各怀心事暗中较劲，楼下的邱莫言、贺虎等人也与东厂一众“走狗”展开了明争暗斗，战事

影片讲述明朝中叶，宦官专权，大太监李进中主持东厂，上挟天子，下令百官，为虎作伥，陷害忠良。他利用从东瀛人北条夜姬处购买来的黑夜彼岸花炼制奇药，并在平民身上实验以达到自己炼制尸兵鬼侍的目的。在一次次实验

明朝万历年，倭寇联合朝中奸细陷害兵部尚书邱大人全家，唯小女儿邱莫言被江湖侠客周淮安救下，邱大人临死前将明朝海防布防图交予女儿，希望等朝中清明之时将这关乎明朝安危的布防图托付给能担大任之人。倭寇为了得到布防图在江湖上追杀周淮安、邱莫言二人，朝廷也将二人列为天字第一号通缉犯，为了布防图和邱家后人的安危，周淮安找到了龙门客栈老板娘金镶玉帮忙，金镶玉为了心中挚爱将布防图藏在客栈之中，将客栈改成一艘龙船隐藏于江湖之外，在合适的时机到来之前保护好布防图，可没想到邱莫言无意间落入倭寇手中，与此同时朝廷也派出了破案高手徐