前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカー

Inazuma Japan胜利后的十年，足球的影响力日渐提高，甚至影响到学校的地位，为此，足球管理组织「第五部门」建立起来进行管理和下达胜负指示，足球再也不再自由。新加入雷门足球部的部员，主人公·松风天马，为了夺回曾经的自由足球，在所在的足球部发起了一场革命。在日本决定第一实际上是内里操纵比赛胜败的「Holy Road」大赛上，天马将带领球队与第五部门对抗...