安娜在床上醒来，脑袋因为前一夜的狂欢有些昏沉疼痛。她打开手机，发现新增一款名为“伊丽丝”(IRIS)的神秘互动APP；它将好姊妹出轨的证据偷拍下来，还将不雅照、私密影片和讯息散布至脸书，监控她的生活，周遭朋友纷纷卷入，陷入恐慌。安娜用尽一切办法，欲将伊丽丝移除，却引来致命杀机。不甘居于劣势的她，决定正面迎击…。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间

变态杀人魔，是天性如此，抑或后天使然？一系列连环命案，死者脑袋都被人用利斧移除，警方束手无策之际，却逐渐发现年轻律师成为疑犯新目标，偏偏他却将被袭掩饰为普通遇劫。兼具美貌与智慧的罪案分析专员锲而不舍，一切谜团源自多年前一宗骇人听闻的儿童集体掳拐与残害事件。「从良」多年的肉体恐怖天王三池崇史重作冯妇，找来龟梨和也、中村狮童操作双向杀手转换，寄寓真心自况：立愿改过自新的变态者处境，雪拥蓝关，可会成为另一个无间好人？