穆德（DavidDuchovny大卫•杜楚尼饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（GillianAnderson吉莲•安德森饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（MitchPileggi饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（RobertPatrick罗伯特•帕特立克饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪，以便盗取资料独自调查。

X档案关闭后，穆德（DavidDuchovny大卫•杜楚尼饰）和斯科莉（GillianAnderson吉莲•安德森饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。某日国会议员麦特森（RaymondJ.Barry饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找